La FIBHGM es el instrumento del Hospital para la promoción, gestión y desarrollo de la investigación.

El órgano de gobierno (Patronato) de la FIBHGM aprueba y controla las líneas de actuación de la FIBHGM y está formado por directivos del Hospital, por un representante designado por el órgano competente en materia de investigación sanitaria de la Comunidad de Madrid, así como representantes de la Universidad Complutense de Madrid y de la Universidad Carlos III de Madrid.

La FUNDACIÓN, conforme a lo dispuesto en el vigente Convenio General de Colaboración, de fecha 19 de abril de 2020, suscrito entre la COMUNIDAD DE MADRID, a través de la CONSEJERÍA DE SANIDAD y el SERVICIO MADRILEÑO DE SALUD y la FUNDACIÓN PARA LA INVESTIGACIÓN BIOMÉDICA DEL HOSPITAL GREGORIO MARAÑON, tiene entre otras funciones, la coordinación fomento y gestión de  las actividades de investigación e innovación Biomédica, que se desarrollan en el ámbito del Hospital, entendida en el sentido más amplio del término, tanto la investigación e innovación básica como aplicada, clínica, epidemiológica y en servicios de salud de acuerdo a lo establecido en la política científico- técnica.

La FIBHGM no tiene presupuesto del Hospital. Sus fondos provienen de ayudas para la investigación, convenios, donaciones, ensayos clínicos y regalías de sus patentes y registros. Como entidad sin ánimo de lucro, dedica todos sus ingresos - incluyendo los de gastos indirectos (overheads)-, a financiar las actividades de apoyo a la investigación, incrementar las infraestructuras de la misma y al funcionamiento de la propia FIBHGM.

Está dotada de personalidad jurídica propia, por lo que es una herramienta de gestión muy ágil. Está auditada, deposita sus cuentas en el Protectorado y el Registro de Fundaciones. Su estructura se desarrolla en base a los pilares de apoyo de gestión a la Investigación Biomédica, teniendo por centro de atención común EL INVESTIGADOR.